Cuando los pilotos de combate comenzaron un programa de entrenamiento intensivo, el nuevo avión se distribuían más o menos uniformemente entre los regimientos de caza, lo que dificulta determinar quién fue el primero en reequiparse con el Mig. Sin embargo, los representantes militares de la Fábrica No 1 informaron que los envíos regulares hacia el oeste comenzaron durante la segunda quincena de enero. El día 21, por ejemplo, 35 MiG-1 fueron transportados por ferrocarril al 41º Regimiento de Cazas (Istrebitelniy Aviapolk, IAP) en Belostok. Diez días después, diez cazas fueron enviados a la Escuela de Vuelo Kacha, en Crimea. El 25 de enero 31 MiG llegaron a Kaunas para el 31º IAP. Unos días más tarde, dos trenes, cada uno cargado con 35 MiG-3, partieron hacia Lvov (28.º IAP) y Kacha (41.º IAP). Inicialmente se sugirió que el 41º IAP recibiría MiG-1 para realizar pruebas de servicio operativo, y que los MiG-3 irían al 146.º IAP, estacionado cerca. La Fábrica No 1 organizó equipos especiales para acompañar los envíos, reunir a los cazas en el lugar y remediar cualquier defecto. A finales de enero, un equipo de especialistas de NII VVS encabezados por el teniente A G Kubyshkin fue enviado a Lvov para entrenar a oficiales del 28º PAI. El equipo incluía al tercer ingeniero militar de mayor rango, V I Alekseenko, y varios otros especialistas. Su primera tarea fue entregar manuales técnicos y las instrucciones de funcionamiento del MiG-1 y del y motor AM-35A.
Mientras los pilotos se familiarizaban con su nuevo equipo sufrieron numerosos accidentes, algunos de ellos debidos a aeródromos cuyas superficies todavía estaban embarradas después del invierno. El 3 de marzo, el teniente Evgeny Gorbatyuk dañó su caza al aterrizar en un campo lleno de baches. Gorbatyuk se convertiría en un as y héroe de la Unión Soviética, reclamando siete victorias con el MiG. Los vuelos fueron suspendidos brevemente, pero el trabajo realizado por el equipo NII VVS ayudó a completar los pilotos del 28º IAP su entrenamiento de conversión antes del 15 de marzo. En ese momento los 17 pilotos principales había realizado 59 salidas de entrenamiento. Muchos comandantes, incluidos el jefe del 28º IAP CO, coronel A P Osadchiy, su adjunto, el capitán I V Krupenin, y su adjunto, el teniente coronel LG Kuldin, recibieron elogios por su habilidad pilotando el caza.
La Fuerza Aérea del Distrito Militar de Moscú también recibió un número significativo de nuevos cazas MiG, y a principios del 16 de abril y el 34º IAP pudo comenzar los preparativos para el desfile del Primero de Mayo. Consciente de la importancia política del evento, le comandante del 34º IAP, el mayor L G Rybkin destacó a sus 20 mejores pilotos e ingenieros para visitar la Fábrica No 1 para un estudio de diez días del avión. Aquí recibieron una formación exhaustiva sobre cómo volar y mantener el MiG-3. Entre los primeros pilotos en dominar el nuevo caza fueron M G Trunov, A V Smirnov, V M Naydenko, N G Scherbina y A. F. Lukyanov. Un mes antes, el 10 de marzo, los dos primeros MiG-3 habían aterrizado en el aeródromo de Vnukovo, cerca de Moscú, para el comandante de la 24a División Aérea de Cazas (Istrebitelnaya Aviadiviziya, IAD), el coronel I D Klimov, y su inspector de los entrenamientos, el mayor D L Kalarsh. Pronto hubo suficientes aviones disponibles para que la mayoría de los pilotos comiencen su entrenamiento, y los primeros en completar el curso fue L G Rybkin. Un veterano de la Guerra de Invierno con Finlandia y poseedor de la Orden de la Bandera Roja, Rybkin exigió lo mejor de sus subordinados en todo momento, pero siempre estuvo preparado para ayudarlos a dominar el nuevo avión, y particularmente su comportamiento a baja velocidad.
La historia del entrenamiento de los pilotos estaría incompleta sin una breve descripción de un incidente que tuvo lugar el 10 de abril en la región báltica. Ese día una aeronave no identificada cruzó la frontera y se adentró profundamente en territorio soviético. Un vuelo de reserva de MiG-3 de la 31º IAP, 8º División Aérea Combinada (Smeshannaya Aviadiviziya, SAD) despegó de uno de los aeródromos de Kaunas para interceptar al intruso. Sólo el teniente Akimov regresó de esa salida, el teniente Aksyutin saltó en paracaídas y el teniente Evtushenko falleció cuando su caza se estrelló. Los resultados de la investigación posterior sugieren que Akimov siguió al intruso hasta una altitud de 11.000 m y luego se detuvo en un giro después de intentar un zoom superficial. Habiéndose recuperado del giro al picado, Akimov giró bruscamente y se mareó debido a la carga g resultante. Pudo recuperarse y aterrizar con su caza. La aproximación más cercana al bimotor divisado por Aksyutin, quien se acercó lo suficiente como para distinguir las cruces alemanas en el fuselaje y las alas y la esvástica en la cola. Momentos después, Aksyutin también echó hacia atrás demasiado bruscamente su palanca de control, e incapaz de recuperarse del giro resultante, se lanzó en paracaídas.
El ingeniero militar Andrey Kochetkov, que se apresuró a ir a Kaunas para realizar la investigación, señaló que todos los pilotos habían realizado el mismo error al llevar a sus cazas más allá de los ángulos críticos de ataque al realizar maniobras repentinas a baja velocidad a gran altura; también encontró que los jóvenes pilotos carecían de conocimientos teóricos sobre el MiG-3. Otro hallazgo desagradable fue que Evtushenko nunca antes había pilotado el MiG-3, y sólo había realizado 13 vuelos en el MiG-1, siendo todos de entrenamiento sobre el aeródromo. Nunca voló por encima de 5.000 m. En esa última salida fatal, el avión de Evtushenko había estado a 9500 m cuando realizó el giro. El piloto había logró recuperarse en un picado a unos 1000 m, pero no logró ganar altitud y su avión se estrelló contra el suelo. Evtushenko probablemente había perdido el conocimiento debido a cargas excesivas de G.
A pesar de este incidente, la conversión al MiG-3 resultó ser más fácil que con los diseños de cazas contemporáneos de LaGG y Yakovlev. El 27 de mayo de 1941 El jefe del cuartel general del VVS RKKA, general P. F. Zhigarev, informó a Stalin que se habían descubierto múltiples defectos en los cazas LaGG-3 recién entregados. Sólo uno de los 14 regimientos aéreos que serán reequipados para entonces ya habían completado el entrenamiento de conversión y el programa de reequipamiento. Los comentarios de los pilotos sugirieron que el LaGG-3 era mucho más fácil de volar que el MiG-3. Por otro lado, se encontraron más deficiencias de fabricación y diseño en los cazas de Lavochkin, Gorbunov y Gudkov (LaGG) que en el MiG. Por ello Zhigarev propuso que algunos de los regimientos de caza que todavía esperaban la entrega del LaGG-3 o el Yak-1 en su lugar, debería reequiparse con el MiG-3.
A medida que más pilotos dominaban el nuevo caza, el MiG-3 demostró que podía picar fácilmente a 500 km/hy más y luego cambiar la velocidad por la altitud subiendo hasta 600-700 metros. Se esperaba que esto diera a los pilotos de MiG una valiosa ventaja en combate. Los Bf 109E de la Luftwaffe en el norte y sectores del sur de la línea del frente durante la campaña de junio de 1941 demostró una peor maniobrabilidad vertical y no pudo seguir a los MiG en los picados y giros, ni siquiera al I-16. Antes de la guerra, algunos de los pilotos más experimentados y perspicaces argumentaron que la introducción del nuevo caza requeriría el desarrollo de nuevas maniobras tácticas, como fue inicialmente el I-200 destinado a ser un caza de gran altitud. En 1939 muchos estrategas habían creído que la mayoría de los combates aéreos se librarían en altitudes más altas. Como resultado, el motor AM-35A, que desarrolló su potencia máxima dentro de los 5000-8000 m, se consideró adecuado para el nuevo caza. De manera similar, la falta de maniobrabilidad del MiG y sus giros más amplios en altitudes bajas y medias, junto con su excesiva velocidad de aterrizaje, podría pasarse por alto. Estas pequeñas deficiencias serían más que compensadas por su superioridad en altitudes más altas, sin embargo. Las realidades del combate aéreo alemán pronto disiparían tales creencias.
El reequipamiento de los distritos militares occidentales con el nuevo cazas continuó en mayo cuando 20 fueron entregados al 4to IAP cerca Kishinev y al 55º IAP en Beltsy. Ese mismo mes el NII VVS envió el teniente coronel P. M. Stefanovsky al 20 SAD para facilitar la conversión de pilotos de estos dos regimientos, que formaban parte de la división.
La Berezin BK de 12,7 mm del ala inferior se instaló en un soporte para ametralladoras a una serie de aviones producidos por la Fábrica nº 1 de septiembre de 1941.
AA 102, pg 13