En marzo de 1939 Hitler ocupó Bohemia y Moravia y creó el estado satélite de Eslovaquia. Esto rodeó a Polonia con un anillo de hierro por todos lados excepto por el este. Rydz fue el único miembro del gobierno que vio el peligro inminente de un conflicto con Alemania. Sin embargo, el tiempo que quedaba era demasiado corto para la creación de un nuevo plan operativo del ejército en el oeste. Durante las negociaciones en Moscú en agosto de 1939, Rydz rechazó todos los intentos de las potencias occidentales de obtener el permiso polaco para que el Ejército Rojo marchara hacia el oeste, afirmando que "no hay garantía de que los soviéticos realmente participen activamente en la guerra; además, una vez habiendo entrado en territorio polaco, nunca lo abandonarán".
El 1 de septiembre de 1939 los alemanes invadieron Polonia y Rydz-Śmigły fue nombrado comandante en jefe de todas las fuerzas polacas. El 7, junto con la mayor parte del gobierno, evacuó Varsovia cuando fue atacada. Poco después, la coordinación polaca comenzó a sufrir problemas con sus comunicaciones, lo que perjudicó la capacidad de Rydz para ejercer el mando de manera efectiva. En Brest (Brześć) el 11 ordenó defender a toda costa la capital polaca. En su plan, Varsovia y la cercana fortaleza de Modlin se convertirían en dos reductos en el centro de Polonia para luchar durante el mayor tiempo posible, mientras que el grueso de las fuerzas polacas defendería la cabeza de puente rumana y esperaría el contraataque prometido por los aliados de Polonia: los franceses y los británicos. Rydz-Śmigły desconocía que los aliados occidentales no tenían tal intención y esperaban que Polonia cayera. Esta estrategia se vino abajo cuando las fuerzas soviéticas invadieron Polonia desde el este el 17 de septiembre. Al darse cuenta de que montar una defensa contra Alemania y la URSS era imposible, Rydz-Śmigły dio órdenes a sus fuerzas para comenzar una retirada hacia Rumania y no desperdiciar hombres luchando contra los soviéticos.
El 18 de septiembre de 1939, después de evitar ser capturado por las tropas soviéticas y luego alemanas, Rydz-Śmigły escapó a Rumania y fue internado allí. El cruce del gobierno polaco a Rumania evitó que Polonia tuviera que rendirse oficialmente y permitió que los soldados polacos continuaran la lucha contra la Alemania nazi, aunque la huida de Rydz generó cierta controversia debido a su posición como comandante supremo. Un gran número de soldados y aviadores polacos lograron escapar al sur de Europa a través de Rumania y luego se reagruparon en Francia. Después de la rendición francesa, se volvieron a reunir, pero esta vez en el Reino Unido.
Como Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas de Polonia, Rydz-Śmigły asumió toda la responsabilidad por la derrota militar de Polonia en septiembre de 1939. Rydz había demostrado ser un comandante extremadamente capaz en frentes más pequeños en guerras anteriores, pero no era un estratega experimentado en un gran conflicto. De hecho, en 1922, en una evaluación de los generales polacos, Piłsudski había escrito sobre él: "en el trabajo operativo muestra un sano sentido común y mucha energía obstinada. Podría recomendarlo a todos como comandante de un ejército, sin embargo, noy estoy seguro de si posee las habilidades suficientes para funcionar como comandante en jefe en una guerra entre dos estados".
Durante su internamiento en Rumanía, Rydz-Śmigły inició la creación de una red clandestina polaca formada por oficiales leales a la memoria de Piłsudski. Todavía en Rumanía, el 27 de octubre renunció a sus funciones de Comandante en Jefe e Inspector General de las Fuerzas Armadas. Este papel fue asumido por Władysław Sikorski, quien estaba sirviendo en el nuevo gobierno polaco en el exilio en Francia (y después de 1940 en el Reino Unido).
En otoño de 1939 el periodista polaco Melchior Wańkowicz conoció a Beck, también internado, y consiguió hablar con él durante unas horas. Esto es lo que escribió Wańkowicz sobre esta reunión: "Era completamente imposible llegar a Rydz, ya que estaba retenido en montañas salvajes, en la villa de verano del patriarca Miron, estrechamente custodiado por una unidad especial de la policía rumana. Logré llegar a su villa después de sobornar a un oficial rumano, con la ayuda del médico de Rydz, el Dr. Cianciara (...) El mariscal habló con una sonrisa encantadora, pero no había chispa en esta sonrisa. Dijo que después de la muerte de Piłsudski, la situación del ejército era catastrófica: "El costo de la construcción de modestas fortificaciones a lo largo de nuestra frontera occidental equivalía a un presupuesto de 18 meses de Polonia y, al mismo tiempo, estábamos trabajando en fortificaciones en el este. Un modesto plan de armamento fue de hasta 5 mil millones de zlotys. Que se suponía que debía hacer? No soy economista, el ministro Eugeniusz Kwiatkowski me dijo que sólo teníamos 180 millones (...) Comenzamos la movilización parcial en la primavera de 1939. La nación lo odiaba, más de 1000 silesios desertaron a Alemania. No pudimos mantener a Polonia movilizada tanto tiempo, no podíamos pagarlo (...) Dicen que soy un cobarde. Tenía tres opciones: rendirme, suicidarme y ser capturado. Era imposible luchar, ya que solo tenía la mitad de una compañía de soldados conmigo. Matarme significaba fracasar. ¿Volar a Varsovia?"
Rydz-Śmigły fue trasladado del campo de internamiento a la villa de un ex primer ministro rumano en Dragoslavele, de donde escapó el 10 de diciembre de 1940 y cruzó ilegalmente a Hungría. Su vuelo a Hungría y los rumores sobre su regreso planeado a Polonia fueron una fuente de disgusto considerable para su rival, Sikorski, ahora primer ministro. Sikorski se había opuesto a Rydz-Śmigły y Piłsudski desde la época del golpe de mayo de 1926. Sikorski declaró en un telegrama al general Stefan Grot-Rowecki, líder de la resistencia clandestina Armia Krajowa (AK) en Polonia: "el gobierno polaco considerará la estancia del mariscal en Polonia como un sabotaje de su trabajo en el país y debe trasladarse lo antes posible a algún país del Imperio Británico". Sin embargo, Rydz-Śmigły salió de Hungría el 25 de octubre de 1941 y, viajando por Eslovaquia, llegó a Polonia. El 30 de octubre, en estricto secreto, regresó a Varsovia para participar en la resistencia como soldado raso clandestino, suspendiendo así voluntariamente su rango de Mariscal de Polonia. Logró contactar a Grot-Rowecki, pero permaneció de incógnito. Murió repentinamente de insuficiencia cardíaca a la edad de 55 años, el 2 de diciembre de 1941, solo cinco semanas después de su llegada a Varsovia. Fue enterrado en Varsovia bajo su nombre de guerra "Adam Zawisza". Su lápida en el cementerio de Powązki llevó este nombre supuesto hasta 1991. El pueblo de Varsovia colocó una nueva lápida con el nombre completo del mariscal sobre su tumba en 1994.
Rydz estaba casado con Marta Zaleska, de soltera Thomas; no tenían hijos.
La tumba del mariscal en Varsovia
https://en.wikipedia.org/wiki/Edward_Ry ... mig%C5%82y