El gobierno belga se reunió en Limoges y luego se retiró a Poitiers y Burdeos, pero a medida que la situación militar francesa se deterioró, se dividió entre los que apoyaban quedarse en Francia y con el gobierno francés y los que apoyaban retirarse al Reino Unido. Pierlot apoyó la retirada a Londres, pero deseaba preservar la unidad de su gobierno, la mayoría de los cuales apoyaban permanecer en Francia. Con la esperanza de mantener el Congo Belga bajo soberanía belga, Pierlot permitió que el Ministro de Colonias, Albert de Vleeschauwer, abandonara Francia mientras el gobierno se reunía para considerar si debía renunciar para dar paso a una nueva autoridad constitucional en la ocupada Bruselas.
Temiendo una rendición a los alemanes, Marcel-Henri Jaspar, un ministro subalterno, salió de Francia hacia Londres donde, junto con Camille Huysmans, pareció formar un gobierno rebelde o Comité Nacional Belga (Comité national belge) condenado por el gobierno oficial. De Vleeschauwer llegó a Londres, donde se le unió Camille Gutt, la ministra de Finanzas, para hacer frente a la amenaza. Pierlot permaneció en Francia. De Vleeschauwer viajó a la España neutral donde, en Le Perthus, en la frontera franco-española, se reunió con Pierlot y Paul-Henri Spaak, el ministro de Exteriores, para intentar persuadirlos de que se reunieran con él en Londres. Pierlot se negó. Las negociaciones con el nuevo gobierno de Vichy resultaron infructuosas. En agosto de 1940 bajo la presión de los alemanes, los franceses rompieron relaciones diplomáticas con el gobierno belga y ordenaron su disolución. El 22 de agosto, Pierlot y Spaak recibieron el permiso del gobierno para partir hacia Londres mientras el resto del gobierno permanecía en Francia.
Pierlot y Spaak, junto con la familia de Pierlot, cruzaron a la España franquista con una visa oficial, pero fueron arrestados en Barcelona y mantenidos bajo arresto domiciliario en un hotel (el Majestic). El 18 de octubre escaparon y se dirigieron a Portugal, donde el régimen de António de Oliveira Salazar, aunque neutral, simpatizaba más con la causa aliada que España. Finalmente llegaron a Londres el 22 de octubre.
Poco después de su llegada a Londres, durante la mitad del Blitz, Pierlot evitó la muerte por poco cuando el hotel Carlton, donde se alojaba, fue destruido por un bombardeo en noviembre de 1940.
La llegada de Pierlot y Spaak inició oficialmente el período del "Gobierno de los Cuatro" (Pierlot, Spaak, Gutt y De Vleeschauwer) que formó el núcleo del gobierno belga en el exilio. No obstante, el Ministerio de Exteriores británico desconfió de Pierlot por no salir de Francia antes. Se dice que Anthony Eden, comentó que "Pierlot no es impresionante, pero es legítimo". Sin embargo, el estatus de Pierlot como el último primer ministro electo proporcionó suficiente legitimidad para que el gobierno oficial socavara al de Jaspar-Huysmans a los ojos del gobierno británico y lograra el estatus de aprobación oficial.
El gobierno en el exilio recibió pleno reconocimiento diplomático de los países aliados. La mayor parte del gobierno belga se instaló en Eaton Square en el área de Belgravia de Londres, donde, antes de la guerra, había estado la embajada belga. Se instalaron otros departamentos gubernamentales en las cercanías de Hobart Place, Belgrave Square y Knightsbridge. Para mayo de 1941, había casi 750 personas trabajando en el gobierno de Londres en todas las funciones. El gobierno en el exilio dirigió la formación de las Fuerzas Belgas Libres y negoció con la Resistencia y otros gobiernos aliados; también controlaba gran parte de las reservas de oro de Bélgica, que habían sido evacuadas antes de la derrota, y las prestó a los gobiernos británico y estadounidense. También participó en la coordinación del esfuerzo de guerra del Congo belga, que era una fuente importante de materias primas, entre ellas uranio, para los Aliados. Desde el comienzo de la guerra, el gobierno pudo ponerse en contacto con Leopoldo, a través de varios intermediarios, pero no pudo lograr una reconciliación completa.
El 28 de abril de 1941, los dos hijos mayores de Pierlot viajaban a su internado cuando el tren que les transportaba se incendió cerca de Westborough, Lincolnshire. Ambos murieron.
Pierlot fue uno de los principales partidarios de la Unión Aduanera del Benelux negociada con los gobiernos holandés y luxemburgués en el exilio y firmada en septiembre de 1944. A diferencia de Spaak, quien era un firme partidario de una mayor cooperación entre los estados de Europa Occidental, Pierlot apoyó una alianza transatlántica con EEUU para garantizar la independencia de Bélgica después del final de la guerra.
Desde sus inicios, el cargo de Ministro de Defensa en el gobierno en el exilio fue fuertemente cuestionado. El nombramiento de Henri Rolin, un académico, para el puesto sento particularmente mal. En octubre de 1942, Pierlot despidió a Rolin, a quien acusó de involucrarse en la política interna de facciones del ejército, partes del cual habían comenzado a rozar el motín por su aparente falta de acción. Para resolver el punto muerto, Pierlot decidió asumir el cargo personalmente. Comenzó una importante reestructuración de la estructura de mando de la infantería en un intento finalmente exitoso de resolver la situación. Un pequeño motín entre los soldados de una batería de artillería fue reprimido rápidamente en noviembre de 1942, pero la prensa británica criticó ampliamente a Pierlot durante el consejo de guerra de los soldados en enero de 1943.
En 1944, Pierlot comenzó a elaborar planes para la reorganización del ejército belga después de la liberación, conocido como el Plan Pierlot. El plan requería la formación de dos brigadas de infantería, seis batallones de fusileros, logística y unidades de apoyo en Bélgica inmediatamente después de la liberación para luchar junto a las tropas aliadas durante una invasión de Alemania. A más largo plazo, estas tropas formarían el núcleo de una nueva división en torno a la cual se podrían reunir más tropas.
Pierlot se dirige a una tropa de soldados belgas en Tenby, Gales en 1940.
https://en.wikipedia.org/wiki/Hubert_Pierlot