Después del estallido de la Segunda Guerra Mundial el Emden ayudó a sembrar un campo de minas defensivo frente a la costa alemana en el Mar del Norte el 3 de septiembre, junto con varios cruceros ligeros y destructores. La barrera se extendía a través de la ensenada alemana, desde la costa de los Países Bajos hasta la península de Jutlandia; el propósito del campo de minas era asegurar el flanco del Muro Oeste hacia el mar. Realizó la operación con los cruceros ligeros Nürnberg, Leipzig, Köln y Königsberg y 16 destructores. Después de colocar su primera carga de minas, regresó a Wilhelmshaven para reabastecerse. Mientras Emden estaba amarrado en el puerto, una fuerza de 10 bombarderos Blenheim atacó el puerto el 4 de septiembre. Las defensas AA de la ciudad derribaron 4 bombarderos, uno de los cuales se estrelló contra el barco. Nueve hombres del Emden murieron y otros 20 resultaron herido. Luego fue transferido al Báltico, donde fue asignada a tareas de protección comercial. Regresó a Wilhelmshaven para un mantenimiento periódico del 2 de diciembre al 3 de enero de 1940, después de lo cual reanudó sus tareas de entrenamiento. Durante el período de los astilleros, se instaló una bobina de desmagnetización justo por encima de la línea de flotación para proteger el barco de las minas magnéticas y se reforzó su armamento antiaéreo. Una vez completado lso trabajos, el Emden regresó a sus deberes de entrenamiento durante el invierno de 1939 a 1940.
Mientras Alemania reunía fuerzas para la invasión de Noruega, el Emden fue asignado al Grupo 5, que debía tomar Oslo. El grupo estaba formado por el buque insignia, los cruceros pesados Blücher y Lützow, 3 lanchas torpederas y 8 dragaminas tipo R. La noche del 5 de abril, el Emden y el Blücher llevaron a cabo un entrenamiento con reflectores para prepararse para las operaciones nocturnas. Al día siguiente, el Emden embarcó a 600 soldados y su equipo en Swinemünde antes de dirigirse al punto de recogida de la flota de invasión, Strander Bucht, en las afueras de Kiel. A las 03:00 del 8 de abril, el Grupo 5 salió de Strander Bucht y se dirigió al fiordo de Oslo, a donde llegó a la medianoche.
Después de llegar a los accesos al fiordo, el Emden transfirió a 350 de los hombres a los botes R para permitirles bajar a tierra. Sin embargo, el elemento sorpresa se perdió y, al entrar en el fiordo, Blücher fue atacado y hundido por las defensas costeras noruegas de la fortaleza de Oscarsborg. El Lützow también resultó dañado antes de que los alemanes interrumpieran el ataque. Después de la pérdida de Blücher, el Emden y el Lützow desembarcaron sus tropas más abajo del fiordo para poder atacar las defensas costeras por la retaguardia. Una vez que las tropas comenzaron su ataque, los dos cruceros abrieron fuego contra la fortaleza de Oscarborg a las 15:55 y comenzaron a proporcionar fuego de cobertura. Los alemanes luego negociaron la rendición con las otras fuerzas noruegas el 9 de abril. El Emden ingresó al puerto en la mañana del 10 de abril, sirviendo como centro de comunicaciones conjunto para coordinar las operaciones de la Kriegsmarine, Wehrmacht y Luftwaffe. Fue relevado de este deber el 24 de abril, aunque permaneció en Oslo hasta el 7 de junio. Durante este período, el Großadmiral Raeder visitó el barco el 17 de mayo. Emden regresó a Swinemünde el 8 de junio, donde reanudó sus tareas de formación
El Emden sigue al Lutzow camino de Oslo, 8 de abil de 1940
https://en.wikipedia.org/wiki/German_cruiser_EmdenDel 7 de noviembre al 15 de febrero de 1941, el barco estuvo en dique seco para mantenimiento. En septiembre, fue asignado a la Flota del Báltico, centrada en el recién comisionado acorazado Tirpitz; a la Flota del Báltico se le encomendó la tarea de evitar que la Armada Soviética saliera del Báltico. El Emden y el Leipzig eran el núcleo del grupo del sur, que tenía su sede en Libau. La flota permaneció en la estación brevemente, y cuando quedó claro que la flota soviética permanecía en el puerto, la Flota alemana del Báltico se disolvió. El 16 de septiembre, el Emden estaba operando frente a Dagö con el Leipzig y 3 torpederos cuando fueron atacados por las baterías costeras soviéticas, pero no sufrieron daños. Un grupo de 4 torpederos soviéticos también realizó un ataque fallido contra el escuadrón alemán. El Emden volvió a proporcionar apoyo de fuego a las tropas alemanas que combatían en la península de Sworbe del 26 al 27 de septiembre. Más tarde, el día 27, el barco fue trasladado a Gotenhafen. Fue asignada a la recién formada Unidad de Entrenamiento de la Flota en noviembre de 1941, y permanecería vinculada a la unidad durante el resto de la guerra. De junio a noviembre de 1942, el barco fue completamente reformado en Wilhelmshaven, antes de regresar a Gotenhafen el 7 de noviembre. Raeder volvió a subir a bordo del barco para el viaje de regreso a Gotenhafen; esta fue su última visita a un buque de guerra antes de su renuncia.