Japón se disculpó rapidamente, antes incluso de que los supervivientes llegaran a Shanghai, expresando su profundo malestar y excusándose de que el ataque se produjo al confundir a los barcos con tropas chinas huyendo de Nanking por río en vapores. El ministro de exteriores nipón, Koki Hirota, tras hacer esta declaración, recibió la queja formal del indignado secretario de estado nortamericano, Cordell Hull. Como consecuencia, el vicealmirante Teizo Mitsunami fue culpado del ataque y obligado a dimitir. Poco después llegó la nota de disculpas de la marina imperial japonesa. .
Cuando el día 18 se hizo público el ametrallamiento del Panay por la cañonera japonesa, Tokio negó tal incidente. Se anunció que Hirohito en persona estaba estudiando el caso de manera personal, y que se tomarían medidas, sin importar "cuan humillantes fueran para las fuerzas armadas". El 19 moría en Shangai uno de los heridos, el marino Edgar Hulsebus. Era la segunda baja mortal norteameircana.
El almirante Mitsumasa Yonai, el ministro de marina, dijo el día de Navidad: "no sé que decir para disculparme" y suguiriendo de nuevo que la falta de comunicaciones y la mala visibilidad eran responsables del fallo. El día de Navidad llegó una tercera nota de disculpas japonesa. Roosevelt aceptó las disculpas, y se cerró el incidente, pero la polémica continuó.
Al conocerse la filmación de Norman Alley se vio claro que los japoneses no habían volado "demasiado alto" para poder reconocer el barco: de hecho, los ametrallamientos se realizaron a muy baja altura. Roosevelt y Hull se quedaron mudos de asombro. Cuando los norteamericanos vieron las fotos, los japoneses quedaron en evidencia: el Panay estaba muy bien indentificado con sus banderas y la filmación de Alley mostraba que la visibilidad ese día era extraordinaria. Sin embargo, el tiempo para las recriminaciones ya había pasado.
¿Por qué fueron atacados el Bee, Ladybird, Panay, Scarab and Cricket? El comandante Masatake Okumiya, que dirigió a los bombarderos en picado ese domingo, declaró en 1953, que creían que se trataban de barcos mercantes transportando tropas chinas. El escuadrón envaido a buscar dichos barcos llevaba sólo una semana en China, y no estaban familizarizados con la uidentificación de barcos neutrales en el Yangtsé. El segundo ataque, contra el Scarab y el Cricket, según Okumiya, fue anulado al verse la bandera inglesa.
Muchos no creyeron esta explicación. Si era así, ¿porqué atacaron primero sólo al Panay primero, al único barco capaz de algún tipo de defensa? ¿Cómo un buque mercante podía disparar en su defensa? Y eso sin tener en cuenta las grandes banderas americanas desplegadas en el buque.