El Alamein era una estación de ferrocarril sin importancia en la costa. A unos 16 km al sur se encuentra la cordillera Ruweisat, una prominencia pedregosa baja que brinda una excelente observación durante muchos kilómetros sobre el desierto circundante; 32 km al sur estaba la Depresión de Qattara. La línea que los británicos eligieron defender se extendía entre el mar y la Depresión, lo que significaba que Rommel sólo podía flanquearla tomando un desvío significativo hacia el sur y cruzando el desierto del Sahara. El ejército británico en Egipto reconoció esto antes de la guerra e hizo que el 8o ejército comenzara la construcción de varios reductos con trincheras y rodeados de campos de minas y alambradas, sobre todo alrededor de la estación de tren de El Alamein. La mayor parte de la "línea" era un desierto abierto y vacío. El teniente general William Norrie (al mando del XXX Cuerpo) organizó la posición y comenzó a construir tres reductos. El primero y más fuerte, en El Alamein en la costa, había sido parcialmente minado por la 1ª División sudafricana. El de Bab el Qattara, a unos 32 km de la costa y a 13 km al suroeste de la cordillera de Ruweisat, había sido excavado pero no había sido minado, mientras que en el de Naq Abu Dweis (en el borde de la Depresión de Qattara), a 55 km de la costa, se había trabajado muy poco.
La posición británica en Egipto era desesperada y la derrota de Mersa Matruh había creado pánico en el cuartel general británico en El Cairo. En lo que llegó a denominarse "Miércoles de Ceniza", en el cuartel general británico, las unidades de retaguardia y la embajada británica, los papeles se quemaron apresuradamente en previsión de la caída de la ciudad. Auchinleck, aunque creía que podía detener a Rommel en El Alamein, sintió que no podía ignorar la posibilidad de que una vez más pudiera ser superado o derrotado. Para mantener su ejército, se debían hacer planes para una retirada mientras se mantienía la moral y el apoyo y la cooperación de los egipcios. Se construyeron posiciones defensivas al oeste de Alejandría y en los accesos a El Cairo, mientras que se inundaron áreas considerables en el delta del Nilo. El Eje también creía que la captura de Egipto era inminente; Benito Mussolini, sintiendo un momento histórico, voló a Libia para prepararse para su entrada triunfal en El Cairo.
La dispersión del X Cuerpo interrumpió el plan de Auchinleck paradefender El Alamein. El 29 de junio ordenó al XXX Cuerpo - la 1a División sudafricana y las 5a y 10a indias - que ocuparan el sector costero a la derecha del frente y al XIII Cuerpo - la 2a División de Nueva Zelanda y la 4a división india - a la izquierda. Los restos de la 1ª División Acorazada y la 7ª División Acorazada debían conservarse como reserva móvil del ejército. Su intención era que las posiciones defensivas fijas canalizaran y desorganizaran el avance del enemigo mientras que las unidades móviles atacarían sus flancos y retaguardia.]
El 30 de junio, Panzerarmee Afrika de Rommel se acercó a la posición de Alamein. Las fuerzas del Eje estaban agotadas y con pocas fuerzas. Rommel los había forzado a avanzar sin piedad, confiando en que, siempre que atacara rápidamente antes de que el 8 Ejército pudiera atrincherarse, su impulso lo llevaría a través de la posición de Alamein y luego podría avanzar hacia el Nilo con poca oposición. Los suministros seguían siendo un problema porque se había esperado originalmente una pausa de seis semanas después de la captura de Tobruk. Las unidades aéreas alemanas también estaban agotadas y brindaban poca ayuda contra el ataque de la RAF a las líneas de suministro, con la llegada de los bombarderos pesados de la USAAF, podrían llegar hasta Bengasi. Aunque los suministros capturados resultaron útiles, el agua y las municiones escaseaban constantemente, mientras que la escasez de transporte impedía la distribución de los suministros que tenían las fuerzas del Eje.
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