Durante mayo de 1938, la 2ª Escadrille del 7º Groupes de Chasse en Reims llevó a cabo pruebas operativas del avión utilizando un puñado de M.S.406 de preserie. A pesar de algunos accidentes, los pilotos estaban generalmente satisfechos con el avión; en respuesta a los accidentes, a mediados de 1939 se implementaron mejoras como el fortalecimiento del tren de aterrizaje y el capó de la cabina. A pesar de las quejas sobre la cubierta exterior del fuselaje delantero y los accesorios del motor, no se hizo para por solucionar esos problemas
Los M.S.406 de serie llegaron con rapidez. Entre diciembre de 1938 y enero de 1939, el 6º Escadre cambió sus obsoletos cazas Loire 46 por el nuevo caza mientras que otras unidades lo siguieron rápidamente. Para el Día de la Bastilla de ese año, se había entregado suficientes M.S. 406 para permitir que el avión sobrevolara París durante el desfile del París. El M.S. 406 equipó 16 Groupes de Chasse y tres Escadrilles, estacionados tanto en Francia continental como en sus colonias de ultramar; de éstos, 12 de los Grupos vieron acción contra la Luftwaffe.
El 23 de agosto de 1939, en respuesta a la invasión de Polonia, la Fuerza Aérea francesa se movilizó en vista a las inminentes operaciones de combate. Varias unidades equipadas con el MS 406 se desplegaron a lo largo de la frontera con Alemania para apoyar al ejército francés desde el aire. Durante la primera fase de la Segunda Guerra Mundial, sin apenas combates, el avión realizó sobre todo misiones de defensa aérea con el objetivo de contrarrestar las prolíficas actividades de reconocimiento aéreo y sondeo de pequeños grupos de cazas enemigos. A lo largo de esta fase, se realizaron un total de 10.119 misiones de combate volaron sobre la frontera, alrededor de la mitad de las cuales a cargo de los M.S.406, protagonizando algunas escaramuzas con los cazas de la Luftwaffe, sobre todo los primeros modelos del Messerschmitt Bf 109. Se reclarmaron 32 victorias más 16 probables por los pilotos del M.S.406, incluso contra el Bf 109, 13 se perdieron en combate más 33 en otras circusntancias. Según Botquin, en esta etapa, las debilidades del MS406 ya eran evidentes, como la falta de protección, el bloqueo frecuente de las armas, la poca potencia de fuego, las radios poco fiables, el alto desgaste del motor, la corrosión. de componentes del timón, cristales de la cabina que se rompían bajo la presión del aire durante ciertas maniobras, pérdida de paneles exteriores debido a que los tornillos se deterioran rápidamente y falta de retrovisores.
Si bien el avión era muy maniobrable y podía resistir gran cantidad de daño , lo que potencialmente brindaba posibles ventajas durante el combate contra los cazas de la Luftwaffe, el MS 406 fue superado en general por el Bf 109. Los esfuerzos para reemplazar al MS406, como los esfuerzos para convertir los aviones existentes al estándar mejorado MS410, no se produjeron antes del 10 de mayo de 1940. En vísperas de la invasión, un total de 10 Groupes de Chasse estaban equipados con cazas M.S.406, junto con varias unidades que estaban casi exclusivamente dotados de aviones M.S.406 o Bloch MB.152.
Durante los incesantes combates que siguieron, las fuerzas aliadas sufrieron una alta tasa de desgaste y no pudieron compensar las pérdidas. De los M.S. 406 que entraron en acción contra los alemanes, 150 aviones se perdieron en combate más otros 250-300 cazas por otras causas El rápido avance de las fuerzas alemanas provocó repetidas retiradas y abandono de bases, lo que hizo que la mayoría de los esfuerzos de reparación y de reemplazo fueran desorganizados, junto con las tripulaciones de tierra que a menudo tenían que destruir un gran número de sus aviones de combate en tierra para evitar su captura.La decisión de emplear pequeños grupos de cazas franceses contra formaciones alemanas más grandes fue en su mayoría ineficaz contra los bombarderos y, a menudo, costosa.
En combate contra cazas enemigos, el MS406 a menudo experimentó resultados mixtos. Si bien hubo incidentes aislados en los que se lograron resultados favorables incluso contra el Bf 109, que era más rápido que el Morane, el 406 generalmente fue superado por los cazas alemanes, como podemos ver en la historia del CG III/7. El 15 de mayo, 9 Moranes de esta unidad de combate se encontraron con una docena de Bf 109 sobre Mézières. Los Messerschmitt se mantuvieron a unos miles de pies por encima de sus oponentes franceses y se lanzaron en parejas para atacar, con una sola pasada de disparo antes de volver a subir y luego repetir el ataque. Tres M.S.406 cayeron en llamas y sólo un piloto saltó en paracaidas gravemente herido. Un cuarto Morane, acribillado a balazos, se estrelló en Soissons Un quinto piloto, el sargento Deshons, resultó herido en la cabeza por astillas que lo obligaron a aterrizar. Seis días después, el 21 de mayo, 17 Morane de la misma unidad, sobre Compiègne, interceptaron 50 Dorniers escoltados por otros tantos Bf 109. Antes de que los Morane pudieran acercarse para abrir fuego, los Messerschmitt los derribaron a cazas franceses. Dos más estaban tan dañados que no pudieron repararse. Por su parte, los pilotos franceses reclamaron dos Bf 109.
El M.S. 406 tiene la desafortunada distinción de ser el caza francés menos efectivo en servicio durante la batalla de Francia, lo que Botquin sugiere que se debió a su baja potencia de fuego. El 24 de junio un M.S.406 pilotado por el subteniente Marchelidon de G.C.1 / 2 logró el último derribo de la Fuerza Aérea francesa en el conflicto.
Después del armisticio, sólo una unidad de Vichy, el GC. 1/7, estaba equipado con el MS 406. A partir de ese momento fue usado en funciones relativamente menores, principalmente como entrenador. Un puñado de MS406 destinados en Siria volaron a Egipto, uniéndose a la RAF y a la fuerza aérea de la Francia Libre, y continuaron operando allí hasta quedar inservibles. Aquellos que permanecieron bajo el control de Vichy combatieron en Siria contra la RAF y en Madasgcar con la Fuerza Aérea de la Royal Navy, sufriendo grandes pérdidas contra los cazas Fairey Fulmar.
Alemania capturó un gran número de M.S.406 y s M.S.410, usando varios centenares como entrenadores, mientras que otros se vendieron a terceros. Finlandia compró M.S.406 adicionales (así como algunos híbridos 406/410) de los alemanes, mientras que otros fueron entregados a Italia y unos 48 a Croacia en 1943. Tanto Suiza como Turquía también lo usaron; los suizas derribaron varios aviones alemanes y aliados durante el período 1944-1945.
Antes de la campaña del Pacífico propiamente dicha, las autoridades de Vichy de la Indochina francesa se enfrentaron en una guerra fronteriza contra Tailandia, durante 1940-41. Varios MS 406 estacionados en Indochina derribaron a varios cazas tailandeses antes de que todas las unidades de la Fuerza Aérea Francesa fueran retiradas del teatro. Algunos ejemplos abandonados del MS 406 fueron capturados por la Fuerza Aérea tailandesa.
MS 406 el Groupe de Chasse I/7 en Siria en julio de 1941
https://en.wikipedia.org/wiki/Morane-Saulnier_M.S.406